根據澳門土木工程實驗室於2006年12月06日召開的會員大會中所提出並獲通過的 “澳門土木工程實驗室2007-2009年度組織架構方案”，詳細如下：

股東大會 

主席：   澳門特別行政區政府

秘書：   伊度水利設計工程公司

秘書：   澳門建造商會

董事會 

主席：   澳門特別行政區政府

董事：   澳門特別行政區政府

董事：   澳門建築置業商會

監事會 

主席：   民政總署

委員：   志濠投資發展有限公司

委員：   澳門工程師學會